菌种大致有四类，细菌、放线菌、酵母菌、霉菌，通过将菌种保存在低温、干燥、缺氧的环境中，来降低菌种的新陈代谢，逐渐达到长期保存。
保存过程
在菌种的保存过程中，必须使微生物的代谢处于最不活跃或相对静止的状态，才能在一定的时间内使其不发生变异而又保持生活能力。低温、干燥和隔绝空气是使微生物代谢能力降低的重要因素，菌种保存方法也是根据这三个因素而设计的。
无论采用何种保藏方法，都要挑选典型菌种的优良纯种来进行保藏，好保藏它们的休眠体，如分生孢子、芽孢等。还应根据微生物生理、生化特点，人为地创造环境条件，使微生物长期处于代谢不活泼、生长繁殖受抑制的休眠状态。这些人工造成的环境主要是干燥、低温和缺氧。除此外，避光、缺乏营养、添加保护剂或酸度中和剂也能有效提高保藏效果。
微生物菌种保存
还有一种叫做微生物菌种保存方法：有传代保存法，液体石蜡覆盖保存法，载体保存法。