鱼类是以鳃呼吸、通过尾部和躯干部的摆动以及鳍的协调作用游泳和凭上下颌摄食的变温水生脊椎动物，但是文昌鱼没有脊椎骨，喜欢将身体埋入沙中，只露出前端。所以文昌鱼只是外形酷似鱼类，它的身体构造和各种生理机能与真正的鱼还有很大区别。
文昌鱼是适合在温暖海中的动物。它半截下身埋在沙中，仅以前端露出沙外，白天半截身体躲在沙砾之中，在阳光之下，摇摇摆摆，依赖水流带来浮游生物及硅藻、植物供它吃食。到了晚间才是它活跃的时刻，这时它离开沙窝，如同离弦的羽箭弹射到水面活动，不过它一旦遇到惊扰，又会游回沙滩窝内。
文昌鱼对地质要求比较严格，通常仅在有机质含量较低的粗中砂和中砂中大量出现。中国青岛和厦门是文昌鱼的两个主要栖息地。此外，整个东南亚沿海均有发现文昌鱼。在美国加利福尼亚州和佛罗里达州也有分布。